燕窝是金丝燕通过几个月的时间所筑成的鸟巢，其中会存有金丝燕的粪便，这些粪便在阴暗潮湿的环境中会自然发酵，释放出氨气，导致燕窝也沾有了氨气的味道，闻着有股氨水味。一般脱水工艺好的工厂出售的燕窝，由于脱水彻底，会让本身带有氨味的燕窝减淡，但如果燕窝保持一定的水分，尤其是额外加入了水分的燕窝，则氨气味道会更浓烈。燕窝产生的霉味多半与金丝燕居住的环境有关，其环境潮湿透气性较差，是自然发酵发霉的绝佳环境，因此刚摘取下来的燕窝都会带有一股霉味；另外干燕窝质地脆硬，在运输过程中容易碎裂，为了避免这种现象，通常会在燕窝上喷洒少许水，这样的操作也会让燕窝带有的霉味更浓。