消毒方法有蒸和高温、高压。消毒时间控制在几十秒至一分钟之内。中心温度70℃以上，以达到消灭表面细菌微生物的目的。另外还有紫外线杀菌和臭氧杀菌。正规的燕窝加工厂会对即将出厂的燕窝进行内部检测，主要的检测内容是亚硝酸盐、霉菌和重金属含量等。同时也会接受当地检验检疫部门的检测监管，符合要求才让产品出厂。