有的燕窝颜色本身就是微微发黄的,这与燕窝的产地和采摘时间有关。爪哇地区出产的较黄，而苏门答腊的较白，但这也不是绝对的，时间、气候、季节、环境都会影响燕窝的颜色。即便是同一燕屋内，不同方向，不同位置，不同楼层，颜色都会不一样。雨季燕窝要比旱季燕窝的颜色更加洁白。

除了原料本身的颜色，在存放过程过一些不当的方式会导致燕窝发黄：阳光暴晒和燕窝受潮。

但是燕窝改变发黄后，燕窝中的硝酸盐的含量会比正常的燕窝偏高，所以泡发燕窝的时间可以稍微长一点 ，中途多换几次水，能够将亚硝酸盐会去得彻底一些。如果燕窝闻着有霉味，手感潮湿，颜色发生改变很有可能使燕窝发霉了，如果出现很多的霉斑以及更严重的情况下，这种燕窝就绝不能吃了。