在加工过程中，杀灭食品中所污染的病原菌、有害微生物以及正常贮存和销售条件下能生长繁殖，并导致食品败坏的腐败菌，在国家的相关食品安全的规范中要求必须符合商业无菌，在即时燕窝的产品中菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌 、酵母、霉菌和沙门氏菌等必须在要求的安全范围内，从而保证燕窝出品后的品质和正常的货架寿命。