燕窝中有多种水溶性蛋白，主要存在于60℃-80℃的水提取液中。

羟基多糖：化学成分研究表明，燕窝黏蛋白含有氨基多糖组成单位，氨基多糖是由“氨基糖-己糖”二糖单位重复聚合而成的直链多糖，在自然界中主要与蛋白质共价结合存在。研究还表明，许多氨基多糖具有提高肌体免疫力的作用。如刺参的氨基多糖能够使人的白细胞悬浮物中的E花环数量增加；二色桌片参的氨基多糖能促进小鼠淋巴细胞增殖，显著增加淋巴细胞产生白介素2（IL-2）的水平，增强小鼠迟发性超敏反应（DTH）。燕窝的体外研究显示，其水提物可促进体外T淋巴细胞增殖。这与其他含氨基多糖的天然产物的药理活性类似，因此，可从氨基多糖提高机体免疫力方面探究燕窝的药理作用。大量研究表明，多糖具有抗氧化作用，氨基多糖的抗氧化性亦有实验证明。多糖的抗氧化作用可能与直接清除自由基有关：多糖中单糖基的活性经基可提供活泼氢与超氧阴离子自由基和羟自由基结合，起到抗自由基氧化的作用。多糖还可通过提高抗氧化酶如超氧化物歧化酶和谷肤甘肤过氧化物酶的活性促进机体清除自由基。多糖上的羟基还可与金属离子结合，抑制自由基的产生。近年，对氨基多糖抗氧化作用的研究成果越来越多。如壳聚糖具抗氧化性能，且低分子量的壳聚糖抗氧化性更好；花刺参酸性多糖提取物能显著提高小鼠红细胞SOD活性；鳖鱼的软骨黏多糖和翅针黏多糖可抑制羟自由基和超氧阴离子自由基的活性等。因此，可从多糖抗氧化的角度研究燕窝的药理作用。