酵素的副作用一般指的是制作失败，自制酵素发酵环境的温度是比较适宜微生物繁殖的，自制酵素制作失败会使得食物中有杂菌或有害物质生成，患者在进食后发生中毒反应导致的，另外，果胶经过微生物发酵之后，可能会产生甲醇。若是制作成功，食用后就不会有副作用出现，也不会自身造成太大的危害，还可以起到降低胆固醇、抑制血小板凝集等作用。酵素就是一些糖和水果进行发酵以后形成的物质，里面有大量的益生菌，和微生物，可以促进胃肠道蠕动，酵素能帮助降低血液中胆固醇和脂肪含量抑制血小板凝聚功能，恢复血管弹性。所谓的酵素副作用与危害性大多是自制酵素。