1.分拣分类。首先根据原料的优劣等级进行一次挑选分类，分出燕盏、燕条、燕碎等不同的类别，再分出不同级别的原材料。每间工厂都有自己的燕窝质量等级系统，如特级、标准、普通、圆底等级别，也有些工厂以5A、4A、3A等区分的质量等级。

2.消毒清洗。分拣分类过后，可用的毛燕原料将在特定温度和时间内进行消毒，然后冲水清洗。有些燕窝加工厂已经采用专业的燕窝请洗设备对毛燕进行初步机械喷水清洗，清洗后的毛燕已经去除大部分的粗毛和杂质，从而减少了后续的细挑毛的时间，提高了挑毛的效率。但有些加工厂采用干挑的作业方式，就不需要清洗毛燕。

3.挑毛定型。工人用镊子纯手工挑出燕窝中的燕毛，这是最为耗时、耗力的一步，具体的挑毛时间长短基本取决于燕窝原料的等级。挑毛过程分三道工序: 初挑一细挑一精挑。这样才可以将燕毛清除干净。挑毛完成后，燕窝会被再次清洗、加工定型，以保持完整的外形。定型后的燕窝，还需要进行风干。由于其特殊性，燕窝是不可以日晒的，更不能用烘烤之术将其烘干，需要放在阴凉之处，用风扇来风干，使之定型。风干后，一盏燕窝就做好了。但是有一些燕窝做好后，由于个别地方还有些瑕疵，比如盏形、燕角和颜色等问题，还需要对其进行精修，使之看起来更加漂亮。

4.包装检测。燕窝挑毛定型后就到出厂前最后一步了。正规的燕窝加工厂会对即将出厂的燕窝进行内部检测，主要的检测内容是亚硝酸盐、霉菌和重金属含量等。同时也会接受当地检验检疫部门的检测监管，符合要求才让产品出厂。最后，工厂会对加工好的燕窝进行包装。这样，经过一系列的加工流程，燕窝就可以出厂了。