将泡发好的燕窝挑拣干净后用密封好的保鲜碗或袋装好，放入冰箱冷藏，可存放3到5天，放入冷冻层，可保存1个月不变质，之后解冻后炖煮食用即可。最好用密封的保鲜盒放入冰箱泡发保存。如果选择在睡前晚上泡发燕窝，为了避免气温较高，导致燕窝在泡发时间过长的情况下发生变质、产生异味等现象，建议将燕窝最好是用密封性能较好的保鲜盒装好，避免细菌、微生物或脏物进入燕窝，然后放入冰箱保存，在低温条件下，可抑制原有水中的细菌发生繁殖现象。