燕窝上的霉味与燕窝的生成环境有关，燕农会搭建全水泥结构或防腐木结构的燕屋让金丝燕筑巢，燕屋外墙通常会开小窗口供金丝燕活动，所以整个燕屋中密封性好，透气性和光线相对就很差。而且洞燕的生长环境是温度在30 ℃左右，空气湿度大约90%，并且燕子会在巢穴生活很长时间，所以燕窝身上会带有类似的霉味、腥味。

金丝燕喜欢在潮湿的环境中生活，燕农为了模拟燕子的最适生长环境，燕屋内常常会安装一些加湿器或安装喷水设施，燕窝遇水，腥味更浓郁。在燕窝采摘时，为了不破坏燕盏，燕农会先喷水在用铲子铲。燕窝运输中，为了防止燕窝破损造成成本增加，商家就会喷水放破损。所以新买的日期新鲜的燕窝有霉味不是真的发霉，是水溶性蛋白和潮湿环境综合，所导致的味道，可以正常食用，不用扔。