若因处理失当而发现燕窝有轻微发霉，可用牙刷加少许水份擦净，将之风干即可。若燕窝已发霉到黑色，则不能再食用，因为燕窝已经被细菌侵蚀，当中的营养成份亦已经丧失，燕窝是非常珍贵的食品，必须好好保管。燕窝可放进冰箱之保鲜格，或于购买当日用风扇和抽风机吹干(但切勿直接于阳光下晒干，因会影响燕窝本身的质素)，再放入保鲜盒内，便可保存长时间。