泡发好的燕窝水分太多，容易令燕窝中的水溶性蛋白质起反应，令燕窝容易化水，必须用布把燕窝中的水份挤干，需要用密封保鮮盒收好。放入冰箱冷冻格且防生水防油可存7天，放在冷藏格中48小时内必须炖煮，所以要尽快食用完。燕窝并不是放越久越好，新鲜燕窝与存放时间较长的燕窝在营养成分方面，两者没太大的区别，但是燕窝如果存放的时间过长，营养会流失风化，特别是含水率高的燕窝，容易霉变，更不能长久存储。